C'est grâce à son professeur de piano Denyse Gouarne que Marc Meisel découvre avec fascination l'orgue à l'âge de 7 ans. Il étudie cet instrument auprès d'Odile Bailleux au conservatoire de Bourg-la-Reine. Parallèlement il se forme au clavecin et à la musique de chambre auprès d'Elisabeth Joyé. Puis au CNSM de Paris, il étudie l'orgue auprès d'Olivier Latry et suit la classe de polyphonie des XVème-XVIIème siècles d'Olivier Trachier. Son goût croissant pour la musique ancienne le mène ensuite à la Schola Cantorum de Bâle, où il suit les cours de clavecin auprès de Jörg-Andreas Bötticher, d'orgue auprès de Jean-Claude Zehnder, et d'improvisation auprès de Rudolf Lutz. Il y obtient le Diplom für Alte Musik en clavecin et en orgue, mention très bien.

     Soliste et partenaire de musique de chambre recherché, Marc Meisel est membre des orchestres Les Siècles (François-Xavier Roth), avec lequel il se produit dans les plus belles salles européennes (Philarmonie de Paris, Opéra Royal de Versailles, Prom's, Bozar, Konzerthaus de Vienne, Concertgebouw d'Amsterdam…), 
Capriccio-Barockorchester et des ensembles Les Ombres, Scherzi Musicali, InAlto, Ensemble Baroque de Joux. Il se produit également au sein des ensembles La Fenice (Jean Tubéry), Le Poème Harmonique (Vincent Dumerstre), Vox Luminis (Lionel Meunier) …

      Depuis 2007, il est régulièrement invité par différentes maisons d'opéras (Schwetzingen, Opéra de Karlsruhe, Opéra de Francfort) en tant que chef assistant du chef et flûtiste Michael Form. Cette collaboration débouche également sur la cofondation de l'Orchestre Atlante, en 2012.

      Marc Meisel compte aujourd'hui une large discographie, comme soliste ou en tant que continuiste. Parmi ses enregistrements, un Concerto pour clavecin de Bach avec Orchestre Les Siècles (Enregistrement vidéo pour l'émission « Presto » sur France 2), des Concerti pour orgue des compositeurs anglais William Hayes et Richard Mudge (Capriccio-Barokorchester),  « La trompette de Birkholtz de 1650 », incluant des œuvres d'orgue de Buxtehude et Böhm sur l'orgue historique de Belitz (Allemagne du Nord) aux côtés de Jean-François Madeuf. Prochainement à paraître, les Leçons de Ténèbres de Couperin
 (Ensemble Les Ombres) et Natura Amorosa, œuvres italiennes du XVIIème siècle (Ensemble La Fenice).

     Depuis 2006, Marc Meisel est également organiste de l'Eglise Evangélique Reformée de Reinach (Suisse). Il y fonde en 2011 les Mischeli-Konzerte, une série de concerts mensuels, dont il est le directeur artistique.